Nel XVI secolo, l'unico uso miliare della collina del castello portò allo spostamento della città alta alla città bassa. Sainte-Réparate prese poi il ruolo di cattedrale, invece di Sainte-Marie sulla collina. Questo nuovo status richiede una ripresa dell'edificio, iniziata nel 1650 dall'architetto Niçois Jean-André Guibert. Lo stile barocco è adottato, ma il suo declino è relativamente sobrio, rinforzato dalla mancanza di decorazioni a volta. Il progetto riprende le chiese romane del XVII secolo, tra cui Sant’Andrea della Valle (Corso Vittorio Emanuele II). La cupola e la facciata sono simili al barocco genovese. La facciata, realizzata solo negli anni 1820, è stata recentemente colorata. Le iniziali dei principi di Savoia, presenti nella navata e nel coro, esaltano la loro gloria e richiamano la singolare storia che ha legato Nizza e il Piemonte per più di cinque secoli.